GitHubに登録したGodotのプロジェクトを別のPCでクローンして、Godotのエディターで開いてみた。 とくに問題なく読み込むことができた。隠しフォルダの .godot は登録しなくても大丈夫そうだ。 もしかするとエディタのレイアウトとかの設定が入っているかも…