前回うまく設定できていなかったのだが原因がわかった。単にskk-rom-kana-rule-listに*を付け忘れていただけ。
ということで、正しい設定方法は次の通り。
(setq *skk-rom-kana-rule-list* '(("zh" nil ("←" . "←")) ("zj" nil ("↓" . "↓")) ("zk" nil ("↑" . "↑")) ("zl" nil ("→" . "→")) ("z/" nil ("・" . "・")) ("z," nil ("‥" . "‥")) ("z." nil ("…" . "…"))))