オブジェクトをスクリプトで生成するにはInstantiateを使う。
Object.Instantiate - Unity スクリプトリファレンス
引数には生成するゲームオブジェクト、座標と回転が指定できる。
public GameOjbect cube; void func() { Instantiate(cube, new Vector3(0, 0, 0), Quaternion.identity); }
生成処理を行うスクリプトで、publicのGameObjectをcubeという名前で定義。するとInspectorでそのスクリプトのところにcubeが出てくるので、そこに以前作ったPrefab化したCubeをドラッグ・アンド・ドロップして関連付け。あとはこのcubeをInstantiateで生成できる。